Desinfetantes a base de cloro estão entre os mais usados são chamados de alvejantes e hipocloritos. As principais vantagens do hipoclorito são fácil de serem usados, baixa corrosão e ampla taxa microbiocida.

Os compostos quaternários de amônia são fáceis de serem utilizados e podem combinar suas funções de limpeza e desinfecção química. Sua principal vantagem esta relacionada as suas propriedade surfactante, agindo melhor como desinfectantes nos ambientes já limpos.

Os desinfetantes a base de iodo são as vezes usados em conexão com alimentos. Como o Iodo por si só é inadequado para o uso em geral, os desinfetantes contém iodo em complexo com outras moléculas. A principal vantagem do uso dos compostos de iodo são relativamente baratos e serem estáveis durante o armazenamento..

A mistura hiplocloritos com ácidos fortes é recomendada por que amplia a taxa microbiocida diminuindo o tempo de ação a principal desvantagem deve-se a corrosão em alguns tipos de metais.

Os desinfetantes devem ser capazes de atingir e fazer o contato com os microorganismos. Os desinfetantes trabalham melhor nas temperaturas ambientes ou acima delas. Todos os desinfetantes necessitam de tempo para matar os microrganismo, este tempo é chamado de tempo de contato.