Os microrganismos Gram-negativos são aqueles que retêm o corante cristal vileta devido ao aumento na quantidade de ácido teicóico e a diminuição da permeabilidade da parede celular aos solventes orgânicos, por conterem menos lipídios na parede celular

A coloração álcool-ácido diferencia um grupo específico de bactérias: Mycobacterium, Nocardia, Rhodococcus, Gordona e cora oocistos de Sarcocystis e Cyclospora

Os microrganismos Gram-positivas possuem a parede celular com grande quantidade de lipídios, que aumenta a permeabilidade aos solventes orgânicos permitindo a descoloração, corando-se com a safranina ou fuccina

O diagnóstico de Mycobacterium leprae e Chlamydia sp é feito somente com cultura in vitro