Os QTLs podem ser selecionados apenas com marcadores tipo RAPD, AFLP e RFLP.

Estes locos gênicos podem ser mapeados juntamente com marcadores genéticos e posteriormente selecionados com o auxílio desses mesmos marcadores genéticos.

Para o mapeamento desses locos gênicos, podem ser empregadas populações segregantes, empregando-se marcadores codominantes, ou linhagens puras, empregando-se exclusivamente marcadores dominantes.

Um mapa com QRLs obtidos a partir de um dado cruzamento pode ser sempre generalizado para qualquer outra situação naquela espécie; o mesmo não acontece com os QTLs.

A precisão dos experimentos utilizados na avaliação do caráter estudado não influi no mapeamento, pois os marcadores não dependem da variação do ambiente.