Na coloração de Gram, são utilizadas solução de cristal violeta, iodo e hematoxilina férrica para classificar as bactérias entre gram positivas e negativas.

O método de exame direto chamado de Tinta da China é utilizado para a detecção de microrganismos do gênero Cryptococcus spp. no líquor e outros fluídos corpóreos.

A coloração de Ziehl-Neelsen é um método de coloração para visualização de micobactérias e outros microrganismos ácido-resistentes e não requer o aquecimento da amostra durante a sua execução.