Para o diagnóstico e o planejamento 3D, podem ser utilizadas igualmente tanto a tomografia computadorizada multislice, como a tomografia computadorizada de feixe cônico, não tendo diferença entre elas com relação à qualidade de imagem, tempo e posição de aquisição nem à quantidade de radiação.

Para o planejamento virtual, uma grande limitação das tomografias computadorizadas é a qualidade da superfície oclusal dos dentes, o que pode ser corrigido pelos modelos virtuais escaneados diretamente da boca do paciente ou de modelos em gesso.

A posição da cabeça do paciente nas tomografias computadorizadas em 3D não é um elemento crítico no diagnóstico e planejamento cirúrgico.

A posição dos côndilos mandibulares não interfere no planejamento cirúrgico-virtual em 3D, porque não interferem nos resultados obtidos nos tecidos moles em cirurgias bimaxilares.