O material digerido não deve ser utilizado como condicionante de solo, biofertilizante ou mesmo como combustível sólido para a geração de calor.

A presença do nitrogênio na composição do biogás contribui para o aumento do efeito estufa; dessa forma, o biogás gerado sempre deve ser coletado e medido.

Promove o tratamento adequado e sustentável dos resíduos e efluentes orgânicos, mas não pode suprir as demandas energéticas dos empreendimentos.

O resíduo ou efluente inorgânico, de forma geral, pode ser direcionado a um sistema de metanização, visando à valorização energética.

A disposição inadequada do material digerido pode resultar em contaminação do solo e de recursos hídricos, geração de emissões odoríferas e de gases de efeito estufa.