No método quantitativo, é realizada uma comparação sobre as características farmacológicas dos medicamentos.

No método qualitativo, a comparação e escolha são feitas obedecendo a uma hierarquia de critérios, sendo a disponibilidade no mercado um critério mais importante do que o custo por tratamento.

Os estudos farmacoeconômicos não são considerados relevantes na seleção, pois não levam em consideração os parâmetros de custo-efetividade dos medicamentos.

Quando os medicamentos apresentam propriedades terapêuticas completamente diferentes, deve-se optar por métodos de seleção que utilizem critérios econômicos.

Quando medicamentos apresentam propriedades terapêuticas semelhantes, devem ser considerados, adicionalmente, os critérios econômicos para a escolha.