O contribuinte terá direito à restituição do imposto retido, em caso de perda ou extravio da mercadoria em seu estoque, mediante autorização da repartição fiscal, lançando-o em seu livro Registro de Apuração do ICMS, e no caso de operação interestadual destinada a contribuinte, mediante a emissão de Nota Fiscal, exclusiva para esse fim, em nome do estabelecimento que tenha efetuado a retenção, pelo valor do imposto retido, após a mesma ser visada pela repartição fiscal que efetuará as verificações necessárias.

O ICMS referente às operações subsequentes deverá ser retido e recolhido pelo industrial ou pelo atacadista, a favor do Estado do Rio de Janeiro, estejam eles localizados no próprio Estado fluminense ou em Estados signatários de acordo de substituição tributária com o Estado do Rio de Janeiro, sempre que remeterem a mercadoria a revendedor fluminense.

Em caso de existência de acordo de substituição tributária com o Estado onde se situa o contribuinte remetente da mercadoria (substituto), se este não efetuar a retenção e o recolhimento do ICMS devido antecipadamente por substituição tributária, dele, e não do destinatário (substituído), será exigido o imposto não retido, pois o CTN estabelece, em seu artigo 102, que “a legislação tributária dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios vigora, no País, fora dos respectivos territórios, nos limites em que lhe reconheçam extraterritorialidade os convênios de que participem, ou do que disponham esta ou outras leis de normas gerais expedidas pela União”

No cálculo do ICMS retido por substituição tributária, por substituto industrial, o valor do IPI pago pela indústria e cobrado em sua Nota Fiscal, não será incluído na base de cálculo da substituição tributária, visto que a mercadoria se destina à comercialização pelo destinatário.

A margem de valor agregado das mercadorias sujeitas à substituição tributária, em operações internas, será estabelecida calculando-se a relação percentual entre os preços de varejo e da indústria ou entre os preços do varejo e do atacado, adotando- se a média ponderada dos preços coletados, e será estabelecida em convênio ou protocolo firmado no âmbito do Confaz.