Na etapa involuntária da deglutição, tem início a fase faríngea, na qual ocorre o direcionamento da ejeção oral, com consequente dissipação da pressão gerada, bloqueio parcial das vias aéreas, diminuição da pressão orofaríngea e impedimento do escape nasal.

Estudos experimentais evidenciaram que núcleos de nervos cranianos envolvidos no processo de deglutição, como o VI, VII, IX, X e XII, determinam o ritmo de sucção, mesmo que um grupo neural esteja separado do outro. Esses grupos neuronais são coordenados a trabalharem conjuntamente a partir do meio da gestação e início da vida extrauterina.

A fase esofágica tem início quando o bolo deglutido, transferido da cavidade oral para o esôfago, percorre a luz desse órgão a uma velocidade média de 7 a 10 cm/seg, até passar pelo esfíncter esofágico superior e penetrar no estômago por meio de movimentos peristálticos. Nesse momento, hioide e laringe retomam a posição de repouso e a transição faringoesofágica se fecha.

Os primeiros sinais de movimentos de deglutição surgem em torno da 25ª semana de vida intrauterina. A deglutição, nessa fase, tem um papel fundamental na regulação da circulação do líquido amniótico. Quando ocorre o nascimento, a modificação fisiológica brusca, advinda com a função respiratória, faz com que o bebê, que há pouco deglutia dentro de um ambiente líquido e não apresentava necessidade de ter ar nos pulmões, passe a incoordenar a sucção com a deglutição e os movimentos respiratórios.

É na fase oral que ocorre a preparação do alimento de acordo com as suas características, como o volume, a consistência, a densidade e o grau de umidificação. Após a preparação, o bolo deverá ser posicionado sobre a língua, sofrendo efeito das estruturas osteomusculoarticulares para a ejeção oral, momento em que, com as paredes bucais ajustadas, o escape anterior bloqueado e a língua em projeção posterior, ocorrem a pressão propulsiva de condução do bolo e pressurização da faringe. O controle eferente da fase oral envolve três nervos cranianos: V, VII e XII. Já na efetivação do controle sensorial, atuam os nervos V, VII e IX.