A DC é caracterizada por lesões assimétricas transmurais descontínuas.

A RU apresenta manifestações extraintestinais, sendo as mais frequentes as oftalmológicas (irite, uveíte, conjuntivite) e as dermatológicas (eritema multiforme, eritema nodoso, pioderma gangrenoso).

A DC sempre afeta o reto e também variáveis porções proximais do cólon, em geral de forma contínua, ou seja, sem áreas de mucosa normais entre as porções afetadas.

A RU causa o comprometimento perianal em um terço dos pacientes, sendo caracterizada por óstios fibulosos, endurecimento, rubor ou sensibilidade nas proximidades do ânus.

A RU poupa o reto e um achado importante é o comprometimento gorduroso extenso, causado pelo crescimento circunferencial da gordura mesentérica ao redor da alça intestinal.