Entre os principais contaminantes inorgânicos, encontram-se os hidrocarbonetos e alguns pesticidas.

Consideram-se contaminação nos meios hídricos, a introdução de organismos patogênicos, substâncias tóxicas ou outros elementos em quaisquer concentrações.

A Portaria nº 2914/2011, do Ministério da Saúde, no seu Art. 40, determina aos responsáveis pelo controle da qualidade da água de sistemas de abastecimento para consumo humano, supridos por manancial subterrâneo, a coleta de amostras anuais da água bruta, no ponto de captação, para análise de acordo com os parâmetros exigidos nas legislações específicas, com a finalidade de avaliação de risco à saúde humana.

Águas subterrâneas, oriundas de rochas carbonáticas, às vezes, apresentam concentrações de fluoretos acima de 1,5 mg/L. Como essas concentrações possuem origem em um processo natural, essas águas não são consideradas contaminadas e por isso, quando utilizadas para o consumo humano, não necessitam seguir os padrões de potabilidade exigidos pelo Ministério da Saúde.