Devem ser coletadas no início ou fase aguda da doença, quando os patógenos estão usualmente presentes em menor número e, preferencialmente, após o início da antibioticoterapia.

Se a amostra não for entregue no laboratório em uma hora, conservar em geladeira a 4ºC, no máximo por um período de 12 horas. Marcar o horário da coleta.

Coletar as fezes e colocar em um frasco contendo o meio para transporte (Cary Blair ou salina glicerinada tamponada), fornecido pelo laboratório, em quantidade equivalente a uma colher de sobremesa. Preferir sempre as porções de resíduos alimentares onde os microorganismos se aderem.