Os dois sistemas de vigilância epidemiológica mais utilizados em conjunto são a vigilância por setores e a vigilância por objetivos.

A obtenção de taxas gerais pode ser útil e, muitas vezes, poderá ser um instrumento para o programa da CCIH em hospitais de pequeno porte e de baixa complexidade.

Os métodos mais racionais de controle de infecções pregam a vigilância em situações de maior risco ou impacto das infecções. A vigilância pode ocorrer de diversas formas: baseada em objetivos, setores ou em dados microbiológicos.

A vigilância epidemiológica por setores é recomendada em serviços ou especialidades nos quais a infecção hospitalar tem grande importância - seja na frequência com que ocorre, seja na gravidade particular das suas consequências.

A vigilância epidemiológica deve ser realizada sistematicamente e apenas de modo global, em todo o hospital, com o cálculo de taxa sintética e de fácil assimilação, do percentual de infecções hospitalares em pacientes admitidos na instituição.