O controle alternativo de pragas é um dos principais entraves da produção agroecológica, tendo em vista que a sustentabilidade agrícola implica em resolver esses problemas, visando à conservação dos recursos naturais e o aumento da biodiversidade nas áreas de cultivo. O controle de pragas em sistemas agroecológicos deve se basear nos preceitos do Manejo Ecológico de Pragas (MEP), o qual foi criado na concepção do Manejo Integrado de Pragas (MIP), porém, baseado no controle ecológico, ou seja, sem o uso de agrotóxicos. Além disso, o sistema deve respeitar algumas recomendações, como: