A ação antitinflamatória do hidróxido de cálcio pode ser devido a sua propriedade higroscópica sob os tecidos inflamados, sendo capaz de absorver exsudato inflamatório, reduzindo a pressão hidrostática tecidual..

A ação antimicrobiana é devido ao seu alto ph alcalino, onde a maioria dos microorganismos patogênicos é incapaz de sobreviver, exceto o E.faecalis, Candida albicans e o Actinomyces radicidentis.

A atividade antimicrobiana do hidróxido de cálcio está vinculada a liberação de íons hidroxila, procedente de sua dissociação em ambiente aquoso. Os veículos aquosos permitem uma maior difusão logo, maior ação por contato dos íons cálcio e hidroxila com os tecidos e micro-organismos.

Seu efeito letal sobre as bactérias ocorre pelos seguintes mecanismos: perda da integridade da membrana citoplasmática bacteriana, inativação enzimática e dano no DNA.

Ocorre a inibição da formação de tecido mineralizado na presença de hidróxido de cálcio, pois sua alcalinidade inativa enzimas, como a fosfatase alcalina.