A expedição comandada por Villegagnon era composta por católicos e protestantes, além de aventureiros e comerciantes interessados na exploração de riquezas.

No inicio, os colonos franceses encontraram dificuldades para viver na nova colônia. Os alimentos eram escassos e a situação foi agravada pelos trabalhos extenuantes.

Diante da ocupação francesa, os luso-brasileiros agruparam suas forças e, em 1560, sob o comando de Mem de Sá, expulsaram os franceses e destruíram sua fortaleza na Bala de Guanabara. No entanto, os franceses retomaram o território pouco depois.

Ao contrário da experiência da França Antártica, na França Equinocial não ocorreram conflitos religiosos.

A expulsão dos franceses da Bala de Guanabara não representou o fim da ameaça aos domínios portugueses. Os franceses planejaram uma nova ofensiva a uma região do Nordeste. E, entre 1624 e 1625, ocuparam a Bahia, sede do Governo-geral do Brasil.