As infrações de natureza sanitária aos dispositivos do Código são apuradas, após a lavratura do auto de infração, em processo judicial, e punidas com aplicação isolada ou cumulativa das penas previstas.

As impugnações só têm efeito suspensivo quando se tratar de imposição de penalidade pecuniária.

O infrator tem o direito de apresentar impugnação contra todos os autos descritos no Código Sanitário, sem quaisquer exceções, no prazo máximo de 15 (quinze) dias.

O instrumento utilizado pelo fiscal sanitário para a análise fiscal ou de rotina é o auto de apreensão e depósito.

No julgamento das impugnações contra os autos, o Procurador Geral do município emite parecer técnico-jurídico a respeito da matéria, dispensando-se o parecer do agente fiscalizador.