Ao Tribunal é assegurada autonomia administrativa e financeira, mas não autonomia funcional.

O Tribunal de Contas de Santa Catarina, órgão de controle externo, tem sede em Florianópolis e compõe-se de nove Conselheiros.

O TCE fixará, no Regimento Interno, os períodos de funcionamento do Plenário e das Câmaras, sendo-lhe vedado o recesso, consoante recente entendimento do TCU.

Os Conselheiros elegerão o Presidente, o VicePresidente e o Corregedor-Geral do Tribunal para mandato correspondente a quatro anos, permitida a reeleição apenas por um período de igual duração.

A denúncia sobre matéria de competência do Tribunal deverá referir-se a administrador ou responsável sujeito à sua jurisdição, ser redigida em linguagem clara e objetiva, estar acompanhada de indício de prova e conter o nome legível e assinatura do denunciante, sua qualificação e endereço.