Na fase operativa, os servidores elaboram o planejamento de seu trabalho para assegurar que a auditoria seja conduzida de forma eficiente e eficaz.

O produto da fase analítica é o relatório preliminar, que descreve as constatações da equipe de auditoria e se presta a embasar notificação do auditado sobre o seu conteúdo.

Na fase analítica, os auditores devem avaliar a evidência da auditoria e extrair conclusões respaldadas nos achados, ou seja, devem exercer seu julgamento profissional para chegar a uma conclusão acerca do objeto auditado.

A fase analítica tem como objetivo entender os aspectos relevantes, as normas, os controles internos vigentes correspondentes ao período a ser verificado, os sistemas e os processos relacionados, pesquisando as potenciais fontes de evidência de auditoria.