A extensão do Vale do Rio São Francisco no Estado de Minas Gerais é coberta por florestas do tipo ombrófila mista, manguezais e banhados. Do ponto de vista biogeográfico, essa floresta é a clara transição entre a Mata Atlântica e a biota da América do Sul.

A sub-região que compreende as florestas ao longo do Vale do Rio São Francisco, no estado da Bahia, possui vegetação úmida e composta por pequenos campos rupestres, sendo desconhecida a extensão coberta por essa sub-região.

As Florestas de Araucária estão localizadas no estado do Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul, ocupam grandes extensões de campos abertos, cuja característica primária é a floresta ombrófila densa, possuindo diversos grupos de animais endêmicos, vistos nas subdivisões biogeográficas.

As Florestas de Interior formam a maior sub-região biogeográfica da Mata Atlântica, abrangendo o nordeste de Minas Gerais ao Rio Grande do Sul, representando um largo cinturão de transição entre a Mata Atlântica e os biomas adjacentes. Outra característica importante é a predominância das florestas sazonais semidecíduas.