A área de atuação da Secretaria Federal de Controle Interno compreende todos os órgãos do Poder Executivo Federal, excetuados os órgãos setoriais de controle interno que integram a estrutura do Ministério das Relações Exteriores, do Ministério da Defesa, da Advocacia-Geral da União e da Casa Civil.

As unidades de auditoria das entidades da Administração Indireta Federal não se sujeitam às avaliações de desempenho realizadas pelos órgãos e unidades do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal, em razão da autonomia administrativa de que gozam tais entidades.

Uma das finalidades do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal é exercer o controle das operações de crédito, avais e garantias, exceto os direitos e haveres da União.

Os órgãos setoriais do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal não podem se subdividir em unidades regionais como segmentos especiais.

Os órgãos setoriais do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal, dada sua localização estratégica na estrutura da Administração Pública Federal, não se subordinam à orientação normativa e à supervisão técnica do órgão central do Sistema.