No MIP existe uma preocupação em se utilizar agrotóxicos apenas quando a população das pragas atingir um nível de dano econômico (em que as perdas de produção gerem prejuízos econômicos significativos), diminuindo a contaminação do ambiente com tais produtos.

A aplicação de defensivos de forma escalonada e a aplicação de baixas doses de inseticidas associada à pulverização com herbicidas antes do plantio, são práticas freqüentemente adotadas no MIP.

Os três princípios básicos do MIP podem ser resumidos em: "conhecer a praga", "evitar a praga" e "controlar preventivamente a praga".

O MIP Soja ficou conhecido, principalmente, devido à utilização de Bacillus thuringiensis no controle da lagarta militar.

O MIP é definido como um sistema de manejo que se baseia, exclusivamente, na amostragem direta das pragas para seu controle e que utiliza todas as técnicas e métodos do sistema orgânico de produção.