Em caso de Válvula de Derivação Ventrículo-Peritonial, há contraindicação relativa, sujeita à precauções no posicionamento do indivíduo sobre o animal; de todo modo não há riscos no deslocamento da válvula.

Em caso de instabilidade Atlantoaxial e em crianças menores de 2 anos (3 anos no caso de Síndrome de Down) a prática de Equoterapia é contraindicada de modo absoluto.

Luxação de quadril; Contraturas e deformidades; Atividades reflexas intensas; Tumores ósseos; Artrose de quadril; Ferimento aberto; Hipertensão não controlada, Subluxação de quadril; Desalinhamento biomecânico; Escoliose funcional nãos são consideradas contraindicações (absolutas ou relativas) ao uso da Equoterapia.