A classificação histológica desenvolvida por Marsh tem como base a distribuição do processo inflamatório e é graduada em quatro tipos.

As biópsias do bulbo duodenal deixaram de ser indicadas de rotina devido ao aumento do risco de complicações, tempo do exame e baixo impacto na sensibilidade diagnóstica.

Quando indicada endoscopia para a realização de biópsias, os pacientes devem manter dieta sem glúten por pelo menos oito semanas a fim de se evitar resultados falso positivos.

A avaliação endoscópica não é essencial para o diagnóstico da doença celíaca, devendo ser reservada para os casos em que os testes sorológicos apresentam resultado inconclusivo ou duvidoso.

Os achados clássicos em biópsias incluem aumento de linfócitos intraepiteliais com infiltração de células inflamatórias na lâmina própria e hiperplasia das criptas com atrofia de vilosidades.