A custódia se restringe a "velar" pelo patrimônio documental. Ultrapassado totalmente o uso secundário, iniciam-se os usos científico, social e cultural dos documentos.

Os documentos do arquivo permanente, órgão receptor, têm função primária, estão reunidos pelo conteúdo, possuem objetivos/ prazos de validade jurídicos, administrativos.

As formas de entrada do documento histórico no arquivo permanente são, em geral, a compra, doação ou a permuta, excepcionalmente através da transferência. Nessa fase inicia-se o processo de análise e avaliação documental com a aplicação de tabelas de temporalidade.

A custódia definitiva é a guarda perene e responsável de fundos documentais que, passados pelo crivo da avaliação/prazo de vida, se tornam elementos a preservar, analisar e utilizar na pesquisa histórica.

É órgão colecionador ou referenciador. Seus objetivos são fundamentalmente científicos, já que a coleção (quando os documentos são armazenados) é formada por originais ou por reprodução referentes a determinada especialidade.