Para melhor organizar a colônia, o rei resolveu dividir o Brasil em Capitanias Hereditárias. O território foi dividido em faixas de terras que foram doadas aos donatários.

O sistema de Capitanias Hereditárias fracassou, em função da grande distância da Metrópole, da falta de recursos e dos ataques de indígenas e piratas. As capitanias de São Vicente e Pernambuco foram as únicas que apresentaram resultados satisfatórios, graças aos investimentos do rei e de empresários.

A coroa portuguesa estabeleceu no Brasil o Governo- Geral. Era uma forma de centralizar e ter mais controle da colônia. O primeiro governador- geral foi Tomé de Souza, que recebeu do rei a missão de combater os indígenas rebeldes, aumentar a produção agrícola no Brasil, defender o território e procurar jazidas de ouro e prata.