O programa de auditoria, elaborado pelo auditor interno, é um plano de ação detalhado, pois define os objetivos, determina o escopo e o roteiro de procedimentos. Além de orientar a equipe de auditoria, configura-se na essência operacional do trabalho de auditagem relativamente a uma área específica da companhia ou à gestão de determinado sistema organizacional, estabelecendo os procedimentos para a identificação, análise, avaliação e registro da informação durante a execução do trabalho.