Vírus são inanimados e necessitam infectar células vivas para se replicarem, por isso não se estabelecem em canais radiculares com polpa necrosada.

Fungos são micro-organismos eucariotas membros da microbiota oral e, ocasionalmente, espécies de Cândida albicans são encontradas em infecções primárias.

O número de espécies microbianas na infecção endodôntica é inversamente proporcional ao tamanho da lesão perirradicular, podendo apresentar, em casos de grandes lesões, mais de 40 espécies.

Micro-organismos presentes na infecção endodôntica podem ser encontrados aderidos às paredes do canal radicular, formando estruturas semelhantes aos biofilmes. Quanto maior for a organização da comunidade microbiana no interior de canais infectados, maior será seu potencial patogênico.