A eletroforese capilar envolve o uso de um tubo muito estreito preenchido com um polímero para que ocorra a separação dos produtos da PCR.

Uma das desvantagens da eletroforese capilar é a utilização de altas voltagens no processo de separação, o que pode levar à degradação dos fragmentos de DNA. Nesse caso, os fragmentos sensíveis devem ser separados por eletroforese em gel.

A utilização de um agente desnaturante, como a formamida, é essencial para manter o DNA no estado desnaturado.

A utilização de soluções-tampão é importante para prover a corrente elétrica responsável pela separação dos fragmentos de DNA.

Os fragmentos de DNA conjugados a fluoróforos, ao serem excitados por uma fonte de laser, emitem um fóton de comprimento de onda específico e são detectados na janela de detecção do capilar.