A pedagogia institucional visa "em primeiro lugar, transformar a relação professor-aluno no sentido da não diretividade, isto é, considerar desde o início a ineficácia e a nocividade de todos os métodos à base de obrigações e ameaças". Embora professor e aluno sejam desiguais e diferentes, nada impede que o professor se ponha a serviço do aluno, sem impor suas concepções e ideias, sem transformar o aluno em “objeto". O professor é um orientador e um catalisador, ele se mistura ao grupo para uma reflexão em comum.

Se o conhecimento resulta de trocas que se estabelecem na interação entre o meio (natural, social, cultural) e o sujeito, sendo o professor o mediador, então a relação pedagógica consiste no provimento das condições em que professores e alunos possam colaborar para fazer progredir essas trocas.

São relações estruturadas e objetivas, com papéis bem definidos: o professor administra as condições de transmissão da matéria, conforme um sistema instrucional eficiente e efetivo em termos de resultados da aprendizagem; o aluno recebe, aprende e fixa as informações. O professor é apenas um elo entre a verdade científica e o aluno, cabendo-lhe empregar o sistema instrucional previsto.

Essa tendência propõe uma educação centrada no aluno, visando formar sua personalidade através da vivência de experiências significativas que lhe permitam desenvolver características inerentes à sua natureza. O professor é um especialista em relações humanas, ao garantir o clima de relacionamento pessoal e autêntico. "Ausentar-se" é a melhor forma de respeito e aceitação plena do aluno. Toda intervenção é ameaçadora, inibidora da aprendizagem.

No diálogo, como método básico, a relação é horizontal, onde educador e educandos se posicionam como sujeitos do ato de conhecimento. O critério de bom relacionamento é a “‘total identificação com o povo, sem o que a relação pedagógica perde consistência”. Trata-se de uma "não diretividade", mas não no sentido do professor que se ausenta, mas que permanece vigilante para assegurar, ao grupo, um espaço humano para "dizer sua palavra" para se exprimir sem se neutralizar