Para o processo de coleta de amostras de água para a análise, as amostras não devem incluir folhas, partículas grandes, detritos ou outro tipo de material acidental, salvo quando se tratar de amostra de sedimento.

Com o objetivo de minimizar a contaminação das amostras de água é necessário recolhê-las com o fundo do frasco de coleta contra a corrente.

As amostras de água coletadas com a finalidade de se realizar análises microbiológicas devem ser acondicionadas em frascos transparentes e mantidas em temperatura constante de 36,5°C.

Para a determinação de quantidade de oxigênio consumido na degradação da matéria orgânica no meio aquático por processos biológicos é indispensável que as amostras sejam acondicionadas em frascos de isopor, polietileno, polipropileno ou vidro e mantidas em temperatura constante de 45,0°C, durante 72 horas.

Para a adequada preservação das amostras no ato das suas coletas, devem ser utilizados frascos de isopor ou de alumínio e elas devem ser mantidas na temperatura ambiente para melhor conservação de suas características físico-químicas.