o diagnóstico diferencial nas lesões endodônticas primárias é a ausência de profundidade de sondagem e a polpa vital.

na lesão periodontal primária, o diagnóstico diferencial consiste na presença da polpa infectada e necrótica.

o principal fator a ser considerado para o diagnóstico diferencial entre a lesão primária endodôntica com envolvimento periodontal e a lesão primária periodontal com envolvimento endodôntico é o comprimento da raiz.

na lesão combinada verdadeira é necessário apenas o tratamento periodontal, já que a possibilidade de contaminação do tecido pulpar pelas bactérias periodontopatogênicas no forame apical é controverso na literatura.

a exacerbação aguda da lesão endodôntica primária pode ser confundida, no exame clínico, com o abscesso periodontal.