As proteínas podem ser separadas, principalmente em bases de massa, pela eletroforese em gel de poliacrilamida, em condições desnaturantes.

As separações eletroforéticas são quase sempre executadas em géis, que servem como peneira molecular que acentua a separação. Moléculas que sejam pequenas em relação aos poros do gel ficam retidas nele, enquanto moléculas muito maiores, que não possuem afinidade pelo gel, movem-se prontamente através dele.

Os géis de poliacrilamida são os meios de suporte preferidos para a eletroforese, pois são quimicamente carregados e prontamente polimerizáveis em meio aquoso, sem necessidade de adição de outros compostos.

No gel de poliacrilamida em condições desnaturantes, o dodecil sulfato de sódio é adicionado à solução de proteínas, conferindo cargas positivas às proteínas desnaturadas.