O método de ionização mais utilizado na CG-EM é o eletrospray (ESI).

A utilização de analisadores de massas do tipo triplo quadrupolo permite uma análise sequencial pelo monitoramento seletivo de reações, o que é útil na análise de matrizes complexas, pois permite a redução ou eliminação de interferentes.

Apesar de ser uma técnica analítica sensível e seletiva, permitindo a identificação de vários toxicantes voláteis, os espectros gerados não permitem a comparação dos resultados com bibliotecas espectrais.

Os sistemas de CG-EM têm como vantagem a possibilidade de analisar compostos polares e de alto peso molecular (>1000 Da).

Uma das desvantagens dos sistemas de CG-EM é não permitir a amostragem automática com técnica de separação por HSSPME.