uma crítica relevante sobre o PROUNI foi a complexidade do score de 450 pontos na média das notas da prova para o estudante ser aceito.

uma crítica relevante sobre o PROUNI é a inclusão de parte do percentual das bolsas para os candidatos autodeclarados negros e indígenas.

uma crítica relevante sobre o PROUNI é o fato de não ter sido incluída a expansão da rede pública de educação superior dentre suas ações.

uma crítica relevante sobre o PROUNI é o fato ser proposto como vantagem para instituição de ensino superior, o funcionamento de um sistema de recuperação financeira daquelas em situação de renúncia fiscal, que torna a ajuda muito relevante para as instituições, sem equidade nas propostas de qualidade efetiva de ensino para o aluno.