Existem microrganismos que são considerados indicadores alternativos, por exibirem estreita relação com a presença de seres patogênicos na água. Dentre esses seres, há os bacteriófagos específicos de E. coli que são considerados indicadores microbiológicos potenciais de qualidade da água por estarem presentes em águas que contém E. coli. No esgoto são presentes em número maior que nas fezes humanas e desenvolvem maior resistência ambiental, são os: