todas entidades da Administração Indireta sujeitam-se ao controle administrativo, político e judicial e respondem os dirigentes, servidores e empregados que trabalham nessas instituições por improbidade administrativa, exceto as universidade federais.

a autonomia universitária da Universidade Federal do Recôncavo da Bahia (UFRB), assegurada constitucionalmente a todas autarquias, não admite controle externo de qualquer órgão, exceto o de supervisão ministerial do Ministério da Educação.

as entidades da Administração Indireta, inclusive a Universidade Federal do Recôncavo da Bahia (UFRB) estão também sujeitas ao controle administrativo, político e judicial e também pelo Tribunal de Contas da União (TCU), para realizar a fiscalização financeira, contábil, orçamentária e patrimonial.

os principais mecanismos de controle interno da Administração Indireta são os recursos administrativos do autocontrole, o controle hierárquico, o controle de gestão, a inspeção, a auditoria, realizada pela Corregedoria Geral da União (CGU) e Tribunal de Contas da União (TCU).

o controle externo da Administração Indireta é exercido por órgão da própria Administração, inclusive a Universidade Federal do Recôncavo da Bahia (UFRB), centrado nos objetivos de avaliar o cumprimento das metas previstas e na execução dos programas e do orçamento, comprovar a legalidade e avaliar resultados quanto à eficácia da gestão orçamentária, financeira e patrimonial.