Em relação aos forros, segue-se a recomendação das paredes (superfície lisa), sendo recomendados os materiais como madeira ou plástico, pois permitem um bom isolamento acústico. Os materiais não recomendados são o gesso ou concreto. Nessa questão, o ideal é o emprego de materiais que facilitem a limpeza e evitem o acúmulo de sujeira.

Para as paredes internas do biotério, principalmente aquelas localizadas nas áreas limpas, recomenda-se o revestimento com azulejos, o que facilita a limpeza e evitam-se os focos potenciais de acúmulos de sujeiras e microrganismos (principalmente fungos). Não é recomendado o revestimento com tinta epóxi, pois não fornece um acabamento ideal para as paredes, forro e até piso, pela falta de resistência a água e desinfetantes.

Os pisos dos biotérios (ou instalações animais) devem proporcionar uma superfície que facilite a higienização. Entre os materiais recomendados, cita-se: asfalto; lajotas; pisos cerâmicos; e pisos vinílicos, que possibilitam uma higienização adequada.

As instalações para roedores e lagomorfos utilizam sistema de iluminação artificial, evitando, assim, a interferência da luz natural nos locais com animais. Entretanto é recomendada, nas salas de animais, a presença de janelas, que auxiliarão na dinâmica da luminosidade da sala e fotoperíodo dos animais. Além disso, a presença das janelas favorece o controle de umidade na sala de animais, e até a limpeza delas. Dependendo da posição do prédio, as janelas poderão possibilitar a incidência solar diretamente sobre as gaiolas, o que interfere positivamente no bem-estar dos animais.

É importante que um biotério seja um prédio de único piso, localizado em andar térreo, pois dispensará o uso de elevadores ou monta-cargas para transporte de material e insumos. Dependendo do manejo, a troca de gaiolas será realizada 2 a 3 vezes por semana e, consequentemente, gerará o deslocamento de caixas, tampas, bebedouros, ração e cama.