Ainda que não haja, nas leis que instituíram as agências reguladoras, previsão de recurso hierárquico impróprio contra decisões exaradas pela própria agência, a doutrina majoritária entende que tal recurso, dirigido ao agente político superior (ministro ou secretário de Estado), é amplamente aceito e, dependendo da urgência e perigo atinentes ao fato objeto do recurso, é o remédio adequado.

Como ocorre com outras pessoas de direito público, o Tribunal de Contas da União tem o poder de examinar não só a utilização e destinação dos recursos públicos realizados pelas agências reguladoras, mas também fiscalizar o desenvolvimento de suas atividades.

Ao Poder Judiciário é permitido analisar os aspectos de validade e legalidade de um ato administrativo exarado pela agência reguladora, como também pode adentrar ao mérito da questão.

Conforme dispõe o Regime Interno da Associação Brasileira de Agências Reguladoras (ABAR), antes das normas emitidas pelas agências reguladoras serem disponibilizadas ao público, elas devem ser aprovadas em reunião do Conselho Consultivo da referida associação.