A pesquisa bacteriológica é o método prioritário tanto na detecção quanto no monitoramento e evolução do tratamento, bem como serve para documentar a cura do paciente.

Antes de optar por um diagnóstico de tuberculose pulmonar sem confirmação bacteriológica (tuberculose pulmonar de probabilidade), devem ser afastados os quadros agudos, especialmente os que apresentem febre.

A baciloscopia de escarro deve ser realizada em, no mínimo, três amostras: uma, por ocasião da primeira consulta, e as outras, independentemente do resultado da primeira, na manhã do dia seguinte, preferencialmente ao despertar e a última, aleatoriamente

A boa amostra de escarro é a proveniente da árvore brônquica, obtida após esforço da tosse (expectoração espontânea), e não a que se obtém da faringe ou por aspiração de secreções nasais nem a amostra que contém saliva.

Pode ser recomendado o método do escarro induzido para coleta de material quando o paciente tem pouca secreção. Estimula-se a coleta do escarro após a realização de nebulização com solução salina hipertônica (5 ml de NaCl 3%-5% - 5 ml de soro fisiológico 0,9% + 0,5 ml de NaCl 20%), durante 15 minutos.