O armazenamento deve atender critérios que promovam a garantia da preservação, rotatividade, a distribuição, o controle e a proteção contra danos e avarias.

Os medicamentos devem ser armazenados por critérios de similaridade, como classe terapêutica, ação farmacológica, forma farmacêutica.

O empilhamento deve ser feito em sistema de amarração, para manter espaços de circulação de ar, evitar desabamentos e deformações por compressões.

Os medicamentos podem ser armazenados em embalagens próprias da instituição, desde que garantam a qualidade e identificação do medicamento.