As comunidades de água rasa, particularmente os estuários e alagados salgados (como manguezais), são externamente produtivos devido à reciclagem local de nutrientes e à carga externa de nutrientes adicionais de habitats terrestres vizinhos.

Pelo processo da quimiossíntese, principalmente as bactérias especializadas são capazes de converter, sem luz solar, simples compostos de seu meio em compostos de nutrientes mais complexos.

Uma grande parte da radiação solar absorvida pelos objetos é convertida em calor. As vias mais importantes de transferência de calor entre o organismo e o ambiente são a radiação, a condução e a convecção.

A produção secundária bruta é a energia total fixada pela fotossíntese.