Conexões entre a amígdala e o hipotálamo resultam em liberação de cortisol, relacionando-se à resposta endócrina ao medo.

O aumento da frequência cardíaca, do pulso e da pressão arterial, relaciona-se à conexão da amígdala com o locus coeruleus, podendo levar, em ativações crônicas deste circuito, à diminuição da variabilidade cardíaca, com aumento do risco de doença cardiovascular

No estudo neurobiológico do medo, as conexões recíprocas entre a amígdala e a área tegmental ventral regulam o sentimento de medo, a emoção.

As respostas motoras de fuga/luta, paralização frente a ameaças e esquivas, são reguladas por conexões entre a amígdala e a substância cinzenta periaquedutal.

A hiperexcitação do núcleo parabraquial pela amígdala determina aumento da frequência respiratória.