A fiscalização exercida pela Controladoria-Geral da União é interna, razão pela qual se restringe aos órgãos federais responsáveis pela gestão de recursos públicos.

Compete exclusivamente ao Tribunal de Contas da União fiscalizar a aplicação das verbas oriundas do orçamento federal repassadas aos entes federados.

O órgão de controle interno vinculado ao Poder Executivo Federal poderá dar publicidade, em sua página na rede mundial de computadores, dos resultados das ações fiscais procedidas nos municípios.

Tanto o Tribunal de Contas da União quanto o Tribunal de Contas do Estado podem fiscalizar a aplicação de recursos públicos transferidos pela União aos municípios.