A maioria dos aminoácidos apolares tem uma localização externa na molécula de proteína.

Os aminoácidos são compostos que apresentam, na sua molécula, um grupo amino e um grupo carboxila, com exceção da prolina, que contém um grupo imino no lugar do grupo amino. Em pH fisiológico, esses grupos estão na forma ionizada.

Os aminoácidos encontrados nas proteínas são isômeros ópticos do tipo D (D-aminoácidos).

Quando o pH é maior que o ponto isoelétrico (pI), os aminoácidos comportam-se como moléculas neutras.