O LES é causa de infertilidade em mulheres.

A mortalidade dos pacientes com LES é cerca de 3 a 5 vezes maior que a da população geral e está relacionada a uma maior atividade inflamatória da doença, ao maior risco de infecções graves decorrentes da imunossupressão e, tardiamente, às complicações da própria doença e do tratamento.

O envolvimento articular é raro nos indivíduos com LES, e sua presença deve gerar suspeição diagnóstica de doença mista do tecido conjuntivo.

A miocardite é a manifestação cardíaca mais comum do LES, podendo ser clínica ou subclínica.

Uma minoria dos pacientes lúpicos apresenta fotossensibilidade após exposição à radiação solar ou artificial (lâmpadas fluorescentes ou halógenas). A clássica lesão em asa de borboleta, caracterizada por eritema malar e no dorso do nariz, é rara.