A microscopia de fluorescência mais utilizada se baseia na propriedade que alguns microrganismos possuem de emitir energia em um comprimento de onda menor, ultravioleta.

Para fazer microscopia de campo escuro, com o objetivo de visualizar microrganismos muito delgados, deve-se fechar totalmente o condensador do microscópio óptico comum.

Em um exame direto, com tinta nanquim, fica facilitada a observação de esporos bacterianos e fúngicos.

A coloração de esfregaços por meio do método de Gram, muito utilizada em Bacteriologia, baseia-se na capacidade das membranas citoplasmáticas de reter o complexo violeta-lugol.

A coloração de Ziehl-Neelsen, utilizada para corar micobactérias, requer o aquecimento do esfregaço.