Com base na legislação vigente, a farmácia hospitalar deve ser organizada de acordo com características preestabelecidas, independentemente das características do hospital onde se localiza, pois, atualmente, é indiferente manter a coerência entre a farmácia hospitalar e o tipo e o nível de complexidade do hospital.

A Anvisa tem o objetivo de desenvolver e traçar diretrizes para o fortalecimento da farmácia hospitalar no Brasil.

O ciclo da assistência farmacêutica é uma das etapas importantes em uma farmácia hospitalar, pois implica promover a articulação necessária dos vários componentes relacionados à oferta de medicamentos, tais como seleção, programação, aquisição, armazenamento, distribuição, prescrição e dispensação, além de farmácia clínica e atenção farmacêutica.

O uso racional de medicamentos no ambiente hospitalar tem diminuído gradativamente. Essa diminuição da racionalização traz diversos benefícios, como a redução de tempo de hospitalização e a diminuição de gastos nas instituições hospitalares.

A ausência dos serviços de atendimento pré-hospitalar, da farmácia hospitalar e de outros serviços de saúde tem como principal consequência a contribuição no processo de cuidado à saúde, visando à melhoria da qualidade da assistência prestada ao paciente, promovendo o uso seguro e racional de medicamentos e outros produtos para saúde.