Em relação ao ecocardiograma transesofágico (ETE), o diagnóstico diferencial de vegetações provenientes da endocardite infecciosa (EI) ocorre em estruturas naturais, como o espessamento, a degeneração e a cordoalha valvar, e em estruturas nodulares, encontradas sobretudo em valva aórtica nativa, como as excrescências de Lambl e os nódulos de Arantius. Dificuldade maior encontra-se na diferenciação morfológica de pequenas vegetações e de fios de sutura cirúrgica ou de estruturas denominadas filamentos de fibrina.
A sensibilidade do ecocardiograma transtorácico para o diagnóstico de EI varia de 40% a 63%. Desse modo, as diretrizes sobre a EI, publicadas pela Sociedade Europeia de Cardiologia (SEC), sustentam que a realização do ETE para o diagnóstico da EI é aceitável, efetiva e clinicamente útil, mesmo em pacientes de baixa probabilidade clínica e com o acompanhamento ecocardiográfico de boa qualidade e negativo.
