De acordo com a figura abaixo podemos observar o ciclo do nitrogênio em águas naturais. Este ciclo afeta os níveis de oxigênio dissolvido (OD) na água. Desta forma, problemas de qualidade da água ocorrem ao longo deste ciclo, tanto por causas antropogênicas como naturais (nitrificação / desnitrificação e eutrofização). Para estes casos o nitrogênio age mais como causador de problemas do que como um problema em si. Em uma segunda possibilidade, há a poluição por nitrato e toxicidade da amônia. Nestes casos, as espécies nitrogenadas são os reais poluentes.
Fonte: Braga et al (2002).
Utilizando o desenho esquemático acima, podemos afirmar que a amônia existe em duas formas em águas naturais: o íon amônia (NH+4) e o gás amônia, ( NH3). Assim, podemos afirmar que:
